In de vijftiende en zestiende eeuw behoorden de heren van Bergen op Zoom, die in 1533 de titel van markies verwierven, tot de invloedrijkste en machtigste edelen van de Nederlanden. In de aanloop van de Opstand tegen Spanje was Jan IV één van de leiders van het verzet. Tijdens de zeventiende en achttiende eeuw bleven de markiezen een machtsfactor van betekenis.
Het Markiezenhof was de residentie van de markiezen in de stad. Behalve als woning fungeerde het ook als bestuurscentrum. Sinds het eind van de achttiende eeuw heeft het complex lange tijd een militaire functie gehad: aanvankelijk als militair hospitaal; later, van 1819 tot 1955, als kazerne. Zo was het 3e Regiment Infanterie hier in een deel van deze periode gevestigd. In de jaren vijftig werd het complex overgedragen aan de gemeente Bergen op Zoom.
In de periode 1963-1987 zijn de zalen, gangen, galerijen, torens, binnenplaatsen en tuinen van het Markiezenhof zorgvuldig gerestaureerd en in oude staat teruggebracht. De intensieve bewoning door de militairen in de negentiende en twintigste eeuw bleek relatief weinig schade te hebben aangericht. De pronkstukken van het paleiscomplex zijn de Grote Galerij aan de Grote Binnenplaats (1512) en de Hofzaal (1485) met zijn laatgotische Christoffelschouw (1521). In 1987 werd het geheel gerestaureerde Markiezenhof geopend door koningin Beatrix.
Na de restauratie heeft het Markiezenhof een culturele bestemming gekregen. In het paleis is het historisch museum ondergebracht van de stad Bergen op Zoom, evenals de archieven van de stad, streek en waterschappen en een dependance van de Openbare Bibliotheek. Daarnaast is er ook een restaurant gevestigd.
